El primer paso es conocer la estructura de los archivos para poder situar o buscar cada archivo o programa rápidamente. Todos los archivos "cuelgan" del directorio raíz, representado por una barra: /

Los sistemas GNU/Linux disponen de un usuario administrador (llamado root) que podrá gestionar todas las carpetas y archivos, y otros usuarios que sólo pueden manejar los archivos de su propia carpeta personal /home.

Las carpetas generales de cualquier distribución GNU/Linux son las siguientes:

/root .- contiene los archivos del administrador. /boot .- contiene los archivos de arranque que se ejecutan antes incluso de cargar el kernel. En él se encuentra del GRUB (gestor de arranque de la distribución Ubuntu). /bin .- contiene los archivos binarios de las aplicaciones comunes para todos los usuarios. /sbin .- contiene los programas que sólo puede lanzar el administrador. /lib .- contiene las librerías que compartirán los diferentes programas. /dev .- contiene los dispositivos físicos del ordenador (recuerda que GNU/Linux monta los dispositivos como si fuesen carpetas). /home .- contiene los archivos de los usuarios alojados en subdirectorios creados por los usuarios. /mnt .- contiene las carpetas para montar los dispositivos de almacenamiento y las particiones para alojar otro SO. /etc .- contiene los archivos de configuración locales. En el se almacenan los archivos del entorno gráfico o de seguridad. /proc .- almacena información sobre las tareas que está ejecutando el sistema, uso de la memoria, del kernel. /tmp .- archivos temporales.

Pantallazo del sistema de archivos de una distribución GNU/Linux Imagen de producción propia

En la siguiente imagen puedes observar los dispositivos (unidades físicas) conectados al sistema y que están montados en la carpeta /media.

En esta carpeta puedes observar las unidades físicas: discos duros externos, unidades de CD y DVD, memorias USB, en carpetas en principio vacías.

Observa que hay conectado un pen-drive denominado disk y que la partición primaria se denomina sda1.

Pantallazo de la carpeta /media Imagen de producción propia

GNU/Linux estaba diseñada para trabajar en modo consola o intérprete de comandos. Esto quiere decir que inicialmente se trabajaba como en MS-DOS, en modo texto.

Pero la llegada al mundo de los ordenadores personales de forma masiva puso de manifiesto la necesidad de trabajar de forma intuitiva y con pocos conocimientos de programación. De igual forma que Windows y Mac OS, se lanzó la aplicación X-Free ó X-Window ó interfaz gráfica. Ésta permite trabajar con menús, iconos y botones.

La aplicación que permite gestionar los archivos en las distribuciones GNU/Linux se denomina navegador. En Guadalinex (y en cualquier otra distribución basada en Ubuntu), usando el escritorio GNOME,  el navegador es Nautilus.

En las distribuciones que usan el escritorio KDE el navegador es Konqueror.

 
No debemos confundir el navegador de archivos (o gestor de archivos) con el navegador web, que puede ser Mozilla, por ejemplo. Haciendo una analogía con Windows, el gestor de archivos sería el Explorador y el navegador web Internet Explorer.

Nautilus se activa haciendo click en Lugares y muestra una barra lateral izquierda con carpetas y una pantalla central con la vista que elijamos: iconos o lista con detalles (tamaño, tipo, fecha de modificación).

Las aplicaciones más comunes que incluyen todas las distribuciones de GNU/Linux son:

• Paquete de ofimática: OpenOffice. Incluye editor de textos, hoja de cálculo, creador de presentaciones, gestor de bases de datos y programa de gráficos vectoriales.
• Aplicación de manipulación imágenes.
• Navegador web.
• Grabador de CD/DVD.
• Lector de correo electrónico.
• Reproductor de música.