Nuestro Sistema Inmune es diferente al resto de sistemas o aparatos del cuerpo humano, en el sentido de que no se le puede adjudicar una localización concreta. Por el contrario, se halla constituido por una serie de órganos y tejidos diseminados por nuestro organismo.

Éstos se pueden organizar en dos grupos:

• Órganos primarios, en los cuales se producen y maduran los linfocitos, que son las células encargadas de llevar a cabo la respuesta inmune específica contra el agente invasor. 
  • Timo, órgano localizado en la base del cuello. Conforme aumenta la edad del individuo, va disminuyendo de tamaño, hasta verse reducido a una masa fibrosa difusa. 
  • Médula ósea, localizada en el interior de los huesos largos como el fémur. En ella se localizan las células Stem, llamadas también células madres hematopoyéticas, que originan todas las líneas de células sanguíneas, entre ellas, los linfocitos. Los linfocitos, en realidad, proceden de unas células precursoras inmaduras, denominadas linfoblastos. Los linfoblastos que maduran en la médula ósea se transforman en linfocitos B y los que maduran en el timo se transforman en linfocitos T.
• Órganos secundarios, que son los lugares donde los linfocitos se almacenan y se activan. Son los ganglios linfáticos, bazo y masas de tejidos linfoide asociados a otros sistemas o aparatos, como son las amígdalas, apéndice vermiforme o las placas de Peyer.