Los principales contaminantes del agua son los siguientes:

Biológicos

Aguas residuales, con restos orgánicos y fecales de procedencia urbana.

Agentes infecciosos, protozoos o bacterias que pueden causar enfermedades.

Restos vegetales que pueden provocar un mayor crecimiento de plantas acuáticas, que a su vez, interfieren con los usos a los que se destina el agua y, al descomponerse, agotan el oxígeno disuelto produciendo olores desagradables.

Químicos

Residuos tanto de pesticidas como fertilizantes de la agricultura y ganadería, como nitratos y fosfatos, muy contaminantes en aguas subterráneas.

Productos químicos, diferentes sustancias de origen industrial, detergentes que contienen sustancias tensoactivas y los productos de la descomposición de otros compuestos orgánicos.

Petróleo y derivados, sobre todo a causa de los vertidos accidentales

Físicos

Sedimentos formados por partículas del suelo arrastrados por la lluvia desde las tierras de cultivo, las explotaciones mineras, carreteras, etc.

Sustancias radiactivas: Residuos producidos por la minería sobre todo del uranio y el torio, las centrales nucleares y procedentes del uso industrial, médico y científico de elementos radiactivos.

El calor se considera un contaminante ya que el vertido del agua usada en la refrigeración de las fábricas y las centrales energéticas hace subir la temperatura del agua donde es vertida, estimulando el crecimiento de organismos acuáticos y pudiendo causar la eutrofización de la zona.